分子モデリングや生命情報研究のための研究ツール
計算化学はパソコンとソフトさえあれば実験できるのがいいところ(?)かもしれません。 (ただし、近眼と肩こりに悩まされるかも)。それに、少し無理しても煙が出ない程度のスペックがあるPCを持っている人なら 自分の家でも手軽にできます(手軽にできないものの方が多いような気が…)。 ということで、計算化学で使われるソフトがあるHP、サーバーにLinkをはってみました。ソフトは大体、無料です。(二之宮記)
サーバー
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SignalP (シークエンス中のシグナルペプチドの予測 よく論文では使われているみたいです)
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TMHMM-2.0 (膜貫通領域予測)
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CBS (Prediction Servers) (予測サーバー集)
SOSUI(膜貫通領域予測 東京農工大HP)
DSSP(2次構造予測)
FAMS(シークエンスからの立体構造予測)
Jpred(2次構造予測)
PSORT(シークエンス中のシグナルペプチドの予測)
SWISS-MODEL(シークエンスからの立体構造予測)
V-QUEST(免疫グロブリンの塩基配列からアミノ酸配列の表示・V領域の探索ができる)
ERRAT(不適切な非共有結合相互作用の評価)
Verify-3D(タンパク質の構造評価 よく使うサーバーで、それぞれの残基が適した環境にあるかを定量的に評価)
WAM-Web Antibody Modeling(免疫グロブリンのモデリング)
Z DOCK Server(タンパク質‐タンパク質、タンパク質‐リガンドのドッキングを行うサーバー)
PROF(2次構造予測)
PSA Server(シークエンスからの立体構造予測)
SSThread(2次構造予測)
InterPro(モチーフ検索)
Genscan(DNAからアミノ酸配列を予測)
データベース
ゲノムネット(BLAST、PDB、MOTIF、CLUSTALWなどゲノム関連情報の検索などに便利)
PDB(タンパク質立体構造データベース)
CATH(タンパク質立体構造クラス(分類)データベース)
NCBI(論文・シークエンスの検索)
PROSITE(タンパク質ファミリー、ドメインデータベース)
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ExPASy(サーバー・データベース集)
MSDlite Search System(高分子構造データベース タンパク質もOK)
SCOP(タンパク質の構造的な分類で分類されているタンパク質データベース)
UCL(免疫グロブリン関係)
Tetaodon Genome Browser(ミドリフグのゲノムデータベース)
D.rerio Blast Server(ゼブラフィッシュのゲノムデータベース)
ソフトウェア
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窓の杜(FFFTPやTera Term(←この2つは本研究室必須アイテム)をダウンロードできる)
(主に、タンパク質の分子構造を表示するのに使われるソフト ここでもDLできます)
(分子を組み立てるためのソフト ここでもDLできます)
ARP−wARP(結晶学的電子密度の解釈、高分子の構築・改良を行うらしい)
MODELLER(タンパク質の立体構造を構築 うちの研究室にあるモデリングソフトの元ネタ ちなみに無料!)
3D-Dock(タンパク質ドッキングソフト 二量体・タンパク質‐リガンドなど作成)
CueMol(分子表示ソフト)
AMBER(うちの研究室のメインプログラム MD計算を行うソフトで、Accademicは$400)
prestoX(生体高分子構造情報解析ソフト 膜タンパク質の計算ができるらしいです 今のところAccademicは無償)
GAMESS(ab initio計算)
MOLCAS(ab initio計算)
AMPAC8(ab initio計算)
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