ガスクロマトグラフ質量分析装置 (GC-MS) (SHIMADZU QP-2010, QP-5050A) 　液体や気体に含まれる物質の定性分析や定量分析を行うことができます。 　当研究室では、菌体を用いて分解させた有機化合物の同定に用いています。
高速液体クロマトグラフ分析装置(HPLC) (SHIMADZU LC-10AD×2、SCL-10A、DGU-12A、CTO-10A) (検出器；SHIMADZU SPD-10A、RID-10A) 　液体に含まれる物質の定量分析を行うことができ、気化しにくい成分や熱に弱い成分の分析に用いています。 　検出器には紫外可視吸光検出器（UV-VIS）、示差屈折率検出器（RID）を用いており、当研究室では糖やアルコールの分析に用いています。
ガスクロマトグラフ分析装置(GC) (SHIMADZU GC-8A(TCD、FID)) 　液体や気体に含まれる物質の定量分析を行うことができ、当研究室では水素やメタン、有機酸の定量などに用いています。
遺伝子増幅装置 (Applied Biosystems PCRsystems2400、 日本バイオラッド iCyclerサーマルサイクラー) 　ＰＣＲ法による遺伝子の増幅を行っています。
ダブルビーム分光光度計 (SHIMADZU UV-2450) 　液体試料の特定波長による光の吸収を測定し、液体中に含まれる試料の特性を調べています。
水素-メタン発酵実験装置群 　焼酎粕や生ゴミなどの有機性廃棄物から水素やメタンを作る実験を行っています。
オートクレーブ (HIRAYAMA HVE-25) 　高温、高圧(121℃、1.2気圧)下での滅菌操作に用いています。
クリーンベンチ (SHIMADZU SCB-840TS、日立 PCV) 　実験台内部を無菌的条件にして、外部からの雑菌混入を抑えます。 　当研究室では、菌体の接種、採種に使用しています。